Peut-on vraiment faire confiance aux résultats des tests du microbiote intestinal ?

Sophie Lambert

Le rôle essentiel du microbiote intestinal dans notre santé

Le microbiote qui réside dans notre tube digestif comprend une multitude de micro-organismes, tels que des bactéries, des virus, des champignons et divers parasites. Ces organismes vivent en équilibre à l’intérieur de notre intestin depuis des millénaires, formant un véritable écosystème. Au fil des années, de nombreux travaux scientifiques ont mis en lumière l’impact crucial de cette communauté microbienne sur notre organisme : elle intervient dans le processus digestif, influence notre métabolisme, et joue un rôle central dans la régulation du système immunitaire. Par ailleurs, cette composition microbienne est actuellement étudiée pour ses liens potentiels avec plusieurs pathologies et pour l’amélioration de l’efficacité des traitements médicaux, en particulier dans le contexte des cancers.

Les causes d’un déséquilibre du microbiote

Il existe plusieurs facteurs pouvant entraîner une perturbation de cet environnement intérieur, autrement dit une dysbiose. Parmi eux, la sédentarité, les infections touchant le système digestif ou encore certaines maladies inflammatoires intestinales, comme le syndrome de l’intestin irritable, sont fréquemment cités. Ces éléments contribuent à déséquilibrer la diversité et la quantité des micro-organismes présents, ce qui peut avoir des répercussions sur la santé globale.

Les tests de microbiote : une fiabilité contestée

Face à l’intérêt suscité par l’équilibre du microbiote, plusieurs laboratoires proposent désormais des examens en ligne visant à analyser la composition bactérienne dans un prélèvement de selles. Ces analyses suggèrent généralement la diversité bactérienne présente et la proportion de certaines espèces spécifiques. Cependant, leur fiabilité reste fortement mise en question. En effet, de nombreux professionnels et institutions estiment que ces résultats sont peu crédibles et déconseillent leur utilisation.

Les limites des analyses microbiotiques

Une étude récente publiée à la fin de 2024 dans la revue Microbiome a souligné le manque d’uniformité des résultats provenant de différents laboratoires. Des chercheurs ont envoyé le même échantillon à plusieurs établissements, et ils ont constaté des divergences flagrantes. Par exemple, la richesse en bactéries, un indicateur clé pour évaluer la santé intestinale, a été qualifiée d’« excellente » par l’un, de « défavorable » par un autre, ou encore classée simplement comme « moyenne » par deux autres. Pire encore, certaines entreprises ont interprété la présence ou l’absence de certains microbes comme étant des risques sérieux pour la santé, évoquant des liens avec des cancers, des maladies neurodégénératives ou encore le syndrome de l’intestin irritable, alors que la recherche scientifique n’appuie pas encore de telles conclusions pour une utilisation individuelle.

Comprendre la variabilité du microbiote

Ce constat démontre qu’il n’existe pas aujourd’hui de méthode universelle permettant de définir de manière précise ce qu’est un microbiote « normal » ou « déséquilibré ». La variabilité naturelle de cet écosystème est telle que ce qui peut être considéré comme un déséquilibre pour une personne peut être tout à fait normal pour une autre. Sur cette base, il est difficile d’établir des critères standard ou de diagnostiquer de manière fiable une dysbiose à partir d’un seul prélèvement.

Les précautions quant à l’utilisation des tests individuels

Ce secteur étant encore peu mature, la Société française de microbiologie a publié une tribune dans le journal Le Monde en 2023, dans laquelle elle mettait en garde contre l’utilisation isolée de ces tests. Selon eux, s’appuyer uniquement sur ces résultats pour ajuster sa santé ou ses habitudes alimentaires peut mener à des faux espoirs, à une inquiétude inutile, ou encore orienter vers des traitements non validés. La prudence est donc de mise face à ces analyses microbiotiques, qui ne doivent pas remplacer un avis médical professionnel.

Les recommandations pour nourrir sainement son microbiote

Enfin, il n’est pas nécessaire de recourir à des analyses coûteuses ou douteuses pour préserver ou améliorer la santé de sa flore intestinale. Il existe des astuces simples et efficaces : opter pour une alimentation variée comprenant beaucoup de fibres, notamment via la consommation de fruits, légumes et céréales complètes ; limiter la consommation d’aliments ultra-transformés, qui peuvent perturber l’équilibre intestinal ; pratiquer régulièrement une activité physique pour favoriser la biodiversité microbienne ; et utiliser les antibiotiques de manière raisonnée, uniquement lorsqu’ils sont indispensables et prescrits par un professionnel de santé.

Sophie Lambert

Sophie Lambert

Née à Colmar et passionnée par les enjeux sociaux et environnementaux, j’ai choisi le journalisme pour donner la parole à celles et ceux qu’on n’entend pas. Je crois en une presse locale libre, engagée et accessible à toutes et tous.